പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടില് വ്യാപാരത്തിനായി ഇന്ത്യയിലെത്തിയ പോര്ട്ടുഗീസുകാരാണ് സാന് തോം ചര്ച്ച് സ്ഥാപിച്ചത്. ഒരു ചെറിയ ബസിലിക്കയായാണ് ഇത് നിര്മ്മിച്ചത്. 1893 ല് ബ്രിട്ടീഷുകാര് ഇത് കത്തീഡ്രലാക്കി മാറ്റി. ഇന്ന് നിലവിലുള്ള കെട്ടിടം ബ്രിട്ടീഷുകാര് നിര്മ്മിച്ചതാണ്. പത്തൊമ്പതാം നൂറ്റാണ്ടില് ബ്രിട്ടിഷ് ആര്കിടെക്റ്റുകള്ക്ക് ഏറെ പ്രിയമുണ്ടായിരുന്ന നിയോ ഗോഥിക് ശൈലിയിലാണ് ഇത് നിര്മ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്.
ക്രിസ്ത്യന് വിശ്വാസമനുസരിച്ച് ക്രിസ്തുവിന്റെ പന്ത്രണ്ട് ശിഷ്യന്മാരിലൊരാളായിരുന്നു സെന്റ് തോമസ്. എ.ഡി 52 ല് വിശുദ്ധനാട്ടില് നിന്ന് നേരെ കേരളത്തില് എത്തിയ തോമസ് എ.ഡി 72 വരെ ഇവിടെ താമസിച്ചു. സെന്റ് തോമസ് മൗണ്ട് എന്ന് ഇന്നറിയപ്പെടുന്ന സ്ഥലത്ത് വെച്ച് എ.ഡി 72 ല് സെന്റ് തോമസ് രക്തസാക്ഷിയായി.
മദ്രാസ്-മൈലാപ്പൂര് ആര്ച്ച് ഡയോസീസിലെ ഒരു പ്രധാന പള്ളിയാണ് ഇന്ന് സാന് തോം ചര്ച്ച്. ഇത് റോമന് കത്തോലിക്ക വിഭാഗത്തില് പെടുന്നതാണ്. ഇന്ത്യയിലെ ക്രിസ്തുമത വിശ്വാസികളുടെ ഒരു പ്രധാന തീര്ത്ഥാടന കേന്ദ്രമാണ് ഇന്നിവിടം.