നടരാജരൂപത്തില് ശിവനെ ആരാധിയ്ക്കുന്ന അധികം ക്ഷേത്രങ്ങളില്ല, ചിദംബരത്തെ ശിവന് നടരാജരൂപത്തിലാണ്. എല്ലാശിവക്ഷേത്രങ്ങളിലും ശിവലിംഗങ്ങളാണ് ദേവനായി കരുതി പൂജിച്ചുപോരുന്നത്. പക്ഷേ ഇവിടെ മാത്രം നടരാജരൂപത്തിലാണ് ശിവനെ പൂജിയ്ക്കുന്നത്. മാത്രവുമല്ല ശിവനെയും വിഷ്ണുവിനെയും അടുത്തടുത്തായി പ്രതിഷ്ഠിച്ച് പൂജിയ്ക്കുന്ന ക്ഷേത്രങ്ങളും കുറവാണ്, ചിദംബരത്തെ ക്ഷേത്രത്തിന് ആ പ്രത്യേകതയുമുണ്ട്. വിഷ്ണുവിനെ ഗോവിന്ദരാജ പെരുമാളായിട്ടാണ് ഇവിടെ ആരാധിയ്ക്കുന്നത്. ശിവക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന അതേ സമുച്ചയത്തില്ത്തന്നെയാണ് വിഷ്ണുക്ഷേത്രവുമുള്ളത്. അതുകൊണ്ടുതന്നെ ശൈവര്ക്കും വൈഷ്ണവര്ക്കും ഒരുപോലെ പ്രധാനമാണ് ചിദംബരം ക്ഷേത്രം.