കോട്ടയത്തുനിന്നും പാല-ഈരാറ്റുപേട്ട വഴിയില് സഞ്ചരിച്ചാല് പൂഞ്ഞാര് കൊട്ടാരത്തിലെത്താം. കേരളത്തിന്റെ പഴയകാല പ്രൗഢി വിളിച്ചോതുന്ന കെട്ടിടമാണ് ഇത്. രാജഭരണകാലത്തുപയോഗിച്ചിരുന്ന ഉപകരണങ്ങളും, കൊത്തിയുണ്ടാക്കിയ രൂപങ്ങളും, പഴയ കല്വിളക്കുകളുമെല്ലാം ഇവിടെ കാണാം. പല്ലക്ക്, എണ്ണത്തോണി തുടങ്ങിയ പഴയകാല ഉപകരണങ്ങളുമുണ്ടിവിടെ. ഒറ്റത്തടിയില് കൊത്തിയുണ്ടാക്കിയതാണ് ആയുര്വേദ ചികിത്സയ്ക്കായി ഉപയോഗിക്കുന്ന എണ്ണത്തോണി. വെങ്കലവിളക്കുകള്, ആഭരണപ്പെട്ടികള്, പറ തുടങ്ങിയവയെല്ലാം ഇവിടെ സൂക്ഷിച്ചിട്ടുണ്ട്.
മുമ്പ് ആരാധനകള്ക്കും മറ്റുമായി ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന ശംഖ്, നടരാജവിഗ്രഹം, പഴയകാല ആയുധങ്ങള് എന്നിങ്ങനെ കൊട്ടാരത്തിലെ കാഴ്ചകള് കണ്ടാലും കണ്ടാലും തീരാത്തതാണ്. പൂഞ്ഞാര് കൊട്ടാരത്തിനടുത്ത്, മധുരയിലെ മീനാക്ഷിക്ഷേത്രത്തിന് സമാനമായ ഒരു ക്ഷേത്രവുമുണ്ട്. പുരാണങ്ങളില് നിന്നും കഥകള് ക്ഷേത്രച്ചുവരുകളില് കൊത്തിവച്ചിട്ടുണ്ട്. കല്ലില്ത്തീര്ത്ത ചുറ്റുവിളക്കുകള് ആകെ തെളിയുന്നത് കാണേണ്ട കാഴ്ചതന്നെയാണ്.