ചരിത്രപരമായി ഏറെ പ്രാധാന്യമുള്ളതാണ് തിരുനാവായക്ഷേത്രം. തിരുനാവായ മുകുന്ദക്ഷേത്രം എന്നും അറിയപ്പെടുന്ന ഭാരതപുഴയോരത്ത് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന ഈ ക്ഷേത്രം നൂറ്റാണ്ടുകള്ക്ക് മുമ്പ് ദക്ഷിണകേന്ദ്രത്തിലെ തന്നെ പ്രമുഖ വേദപഠന കേന്ദ്രമായിരുന്നുവെന്നാണ് ചരിത്രം. മാമാങ്കത്തിന്െറ ചരിത്രതാളുകളിലും ക്ഷേത്രത്തിന് പ്രമുഖ സ്ഥാനമുണ്ട്.
നാവാ മുകന്ദ രൂപത്തിലുള്ള മഹാവിഷ്ണുവാണ് ഇവിടത്തെ പ്രതിഷ്ഠ. ഗണേശന്, മഹാലക്ഷ്മി തുടങ്ങിയ ഉപപ്രതിഷ്ഠകളുമുണ്ട്. തിരൂര് നഗരത്തില് നിന്ന് എട്ട് കിലോമീറ്റര് അകലത്തില് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന ഈ ക്ഷേത്രം ടിപ്പുസുല്ത്താന്െറ പടയോട്ടകാലത്ത് നശിപ്പിക്കപ്പെട്ടതാണെങ്കിലും പിന്നീട് പുനര്നിര്മിക്കുകയായിരുന്നു.