മലയാറ്റൂരിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട ആകര്‍ഷണം ഇവിടുത്തെ പള്ളിയാണ്. കത്തോലിക്കാ സഭ ഈ പള്ളിയെ അന്താരാഷ്ട്ര തീര്‍ത്ഥാടനകേന്ദ്രമായി പ്രഖ്യാപിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഇവിടുത്തെ ചാപ്പല്‍ ഏതാണ്ട് 500 വര്‍ഷം പഴക്കമുള്ളതാണ്. ദുഖവെള്ളിയും പുതുഞായറുമാണ് മലയാറ്റൂരില്‍ ഏറ്റവും കൂടുതല്‍ തീര്‍ത്ഥാടകര്‍ എത്തുന്ന സമയം.

നാല്‍പ്പത് ലക്ഷത്തോളം യാത്രക്കാര്‍ ഇക്കാലത്ത് എത്താറുണ്ടെന്നാണ് കണക്ക്. എഡി 52ല്‍ കൊടുങ്ങല്ലൂരിലെത്തിയ തോമാശ്ലീഹ പ്രാര്‍ത്ഥിയ്ക്കാന്‍ ശാന്തമായ ഒരു സ്ഥലം തേടിനടന്നു, ഒടുവില്‍ അദ്ദേഹം കണ്ടെത്തിയ സ്ഥലമാണത്രേ മലയാറ്റൂര്‍ മല. മലമുകളിലെ പാറപ്പുറത്ത് കാണുന്ന കാല്‍പ്പാദം തോമാശ്ലീഹയുടേതാണെന്നാണ് വിശ്വാസം. നിറയെ പറക്കല്ലുകളും മുള്‍ച്ചെടികളുമെല്ലാമുള്ള പാതിയലൂടെ ദുഖവെള്ളി നാളില്‍ വലിയ മരക്കുരിശുമേന്തി 'പൊന്നിന്‍കുരിശുമുത്തപ്പോ പൊന്‍മല കയറ്റം' എന്ന മന്ത്രവുമുരുവിട്ടാണ് തീര്‍ത്ഥാടകര്‍ മലകയറാറുള്ളത്.

യേശുക്രിസ്തുവിന്റെ കാല്‍വരിയാത്രയെ അനുസ്മിരിച്ചുകൊണ്ടാണ് ഈ മലകയറ്റം. മലമുകളിലെ പാറക്കല്ലില്‍ തോമാശ്ലീഹ ഒരു കുരിശുരൂപം വരയ്ക്കുകുയും പിന്നീട് അവിടെ ഒരു പൊന്‍കുരിശു പ്രത്യക്ഷപ്പെടുകയും ചെയ്തുവെന്നാണ് കഥ. മലമുകളിലെ കുരിശിന്റെ അടിയില്‍ ഇപ്പോഴും ആ പൊന്‍കുരിശ് മറഞ്ഞിരിക്കുന്നുണ്ടെന്നും വിശ്വാസികള്‍ പറയുന്നു. മലമുകളില്‍ ഒരു അത്ഭുത നീരുറവയുമുണ്ട്. തോമാശ്ലീഹ പാറപ്പുറത്ത് വടികൊണ്ട് അടിച്ചപ്പോള്‍ രൂപപ്പെട്ടതാണ് ഈ നീരുറവയെന്നാണ് പറയുന്നത്. ഇവിടെ നിന്നും ജനങ്ങള്‍ ജലംശേഖരിയ്ക്കാറുണ്ട്. വിശുദ്ധമായ ജലമാണിതെന്നാണ് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നത്.