ബെഗും ഹജ്ജമിന്റെ പള്ളിയുടെ ചരിത്രം 1489ല് ആരംഭിക്കുന്നു. ഹുസൈനി വംശത്തിന്റെ സ്ഥാപകനായ അലാവുദ്ദീന് ഹുസൈന് ഷാ 1498ല് പള്ളി നിര്മ്മിക്കാന് നിര്ദ്ദേശം നല്കി. 1646ല് ബാര്ബറായിരുന്ന ബെഗു ഹജ്ജം പള്ളി നവീകരിക്കുകയും പുനര്നിര്മ്മിക്കുകയും ചെയ്തു. അതിനുശേഷം അദ്ദേഹത്തിന്റെ പേരിലാണ് ഈ പള്ളി അറിയപ്പെടുന്നത്.