വിരൂപാക്ഷ ക്ഷേത്രത്തിന് തെക്കുഭാഗത്തായാണ് മുക്തേശ്വരനായി സസമര്‍പ്പിച്ചിട്ടുള്ള പാപനാഥ ക്ഷേത്രം. പട്ടടക്കലിലെ മറ്റ് ക്ഷേത്രങ്ങളെ അപേക്ഷിച്ച് ഒരു ചെറിയ ക്ഷേത്രമാണിത്. എ ഡി ഏഴാം നൂറ്റാണ്ടിലാണ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ നിര്‍മാണമെന്ന് കാണിക്കുന്ന ചില രേഖകളിവിടെ ലഭ്യമാണ്. അകത്തളത്തിന്റെ കവാടത്തിലായി നന്ദികേശന്റെയും വീരഭദ്രന്റെയും വിഗ്രഹങ്ങള്‍ സ്ഥാപിച്ചിരിക്കുന്നത് കാണാം. പ്രധാനഹാളിനെ താങ്ങിനിര്‍ത്തുന്ന 16 കൂറ്റന്‍ തൂണുകളാണ് പാപനാഥ ക്ഷേത്രത്തിലെ ഒരു വിശേഷമായ കാഴ്ച. ദേവിമാരുടെയും മിഥുനങ്ങളെന്നു വിളിക്കപ്പെടുന്ന ദമ്പതിമാരുടെയും മനോഹരമായ കൊത്തുപണികളും പ്രതിമകളും കൊണ്ട് സമ്പന്നമാണ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ തൂണുകള്‍.

അര്‍ദ്ധമണ്ഡപത്തിന്റെ മുകള്‍ത്തട്ടില്‍ സംഗീതവിസദസ്സിനാല്‍ ആനയിക്കപ്പെടുന്ന പരമശിവന്റെയും പാര്‍വ്വതിയുടെയും രൂപങ്ങള്‍ കൊത്തിവച്ചിട്ടുണ്ട്. ഇതിഹാസമായ രാമായണത്തിലെ ചില ഭാഗങ്ങളും ക്ഷേത്രത്തിലെ ആകര്‍ഷകമായ കൊത്തുപണികളില്‍ കാണാം. കവാടവും സഭാമണ്ഡപവും അര്‍ദ്ധ മണ്ഡപവും പ്രദക്ഷിണവഴിയോടുകൂടിയ ശ്രീകോവിലും ചേര്‍ന്നതാണ് ക്ഷേത്രം. സഭാമണ്ഡപത്തില്‍ നന്ദീരൂപമുണ്ടെങ്കിലും ക്ഷേത്രത്തിനകത്ത് നന്ദീമണ്ഡപമില്ല എന്നതാണ് ഇവിടെത്തെ ഒരു സവിശേഷത. ചിത്രപ്പണികളും കൊത്തുപണികളും വാസ്തുവിദ്യയിലെ സമ്പന്നതയും കൊണ്ട് പട്ടടക്കലിലെ ഒഴിച്ചുകൂടാനാകാത്ത കാഴ്ചകളിലൊന്നായി മാറുന്നു പാപനാഥ ക്ഷേത്രം.