ഏതാണ്ട് പുനെയ്ക്ക് സമാനമായ കാലാവസ്ഥയാണ് ജുന്നാറിലും. താരതമ്യേന തണുത്തതും മനോഹരവുമായ ശീതകാലമാണ് ജുന്നാറിലെ കാഴ്ചകള് കാണാന് ഏറ്റവും അനുയോജ്യം.
മാര്ച്ച് മുതല് മെയ് വരെയാണ് വേനല്ക്കാലം. വേനല്ക്കാലത്ത് കടുത്ത ചൂട് അനുഭവപ്പെടാറുണ്ട്. 38 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് വരെ ചൂട് ഉയരുന്നു. 30 ഡിഗ്രിയാണ് ഇക്കാലത്തെ കുറഞ്ഞ താപനില. അതിനാല്ത്തന്നെ വേനല്ക്കാലത്ത് ജുന്നാര് യാത്ര അഭികാമ്യമല്ല. ഏപ്രിലും മെയുമാണ് ഏറ്റവും ചൂടേറിയ മാസങ്ങള്.
ജൂണ് മുതല് സെപ്തംബര് വരെയുള്ള കാലത്താണ് ഇവിടെ മഴപെയ്യുന്നത്. ശരാശരി മഴ ലഭിക്കുന്ന പ്രദേശമാണിത്. 28 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസിനും പത്ത് ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസിനും ഇടയിലാണ് താപനില. ജൂണ്മാസത്തിലാണ് ഏറ്റവും കൂടുതല് മഴ ലഭിക്കുന്നത്.
മനോഹരമായ കാലാവസ്ഥയാണ് ശീതകാലത്ത് ജുന്നാറില്. ഡിസംബര് മുതല് ഫെബ്രുവരി വരെയുള്ള ശൈത്യകാലത്താണ് ഹരിഹരേശ്വര് യാത്രയ്ക്ക് പറ്റിയ സമയം. 6 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് മാത്രമാണ് ഇക്കാലത്തെ കുറഞ്ഞ താപനില. കൂടിയ താപനില 28 ഡിഗ്രിയും. ജുന്നാര് യാത്രയ്ക്കിറങ്ങുന്നത് ശൈത്യകാലത്താണെങ്കില് ആവശ്യത്തിന് കമ്പിളി കയ്യില് കരുതാന് മറക്കരുതേ.