മാര്ച്ച് മുതല് മെയ് വരെയാണ് വേനല്. പൊതുവേ വേനലില് ഇവിടെ നല്ല ചൂട് അനുഭവപ്പെടാറുണ്ട്. ഈ സമയത്ത് 38 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് വരെ ഉയരാറുണ്ട്. മലയാറ്റൂര് മലകയറ്റമാണ് ഇവിടുത്തെ പ്രധാന കാര്യമെന്നതിനാല്ത്തന്നെ വേനല്ച്ചൂടില് മലകയറുകയെന്നത് അത്രസുഖമുള്ള കാര്യമാകില്ല. പക്ഷേ മലയാറ്റൂര് പെരുന്നാള് നടക്കുന്നത് മാര്ച്ച്-ഏപ്രില് മാസങ്ങളിലാണുതാനും.
ജൂണ് മുതല് സെപ്റ്റംബര്വരെയാണ് മഴക്കാലം, ശക്തമായ മഴലഭിയ്ക്കുന്ന പ്രദേശമാണ്, മലകയറ്റത്തിനും മറ്റും മഴ തടസ്സമാകും. മഴക്കാലത്ത് മലയാറ്റൂര് യാത്ര പ്ലാന് ചെയ്യാതിരിക്കുന്നതാണ് നല്ലത്.
ഡിസംബര് മുതല് ഫെബ്രുവരിവരെയാണ് ശീതകാലം, ഇക്കാലത്ത് മലയാറ്റൂരിലെ കാലാവസ്ഥ മനോഹരമാണ്. താപനില 22 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസിനും 30 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസിനുമിടയിലാണ് അനുഭവപ്പെടാറുള്ളത്. മലയാറ്റൂര് സന്ദര്ശിയ്ക്കാന് അനുയോജ്യമായ സമയമാണിത്. ഒക്ടോബര് മുതല് ഫെബ്രുവരി വരെയുള്ള കാലമാണ് മലയാറ്റൂര് സന്ദര്ശനത്തിന് ഏറ്റവും അനുയോജ്യം.