മറ്റ് വടക്കേ ഇന്ത്യന് സംസ്ഥാനങ്ങളിലേപോലെ തന്നെ മുസാഫര്നഗറില് നംവംബര് മുതല് ഏപ്രില് വരെ പ്രസന്നമായ കാലാവസ്ഥയാണ്. ഇക്കാലമാണ് ഇവിടം സന്ദര്ശിക്കാന് അനുയോജ്യം. എന്നിരുന്നാലും ഇവിടുത്തെ ആരാധാനാലയങ്ങളിലേക്ക് വര്ഷം മുഴുവന് സന്ദര്ശകര്എത്തിച്ചേരുന്നു.
മാര്ച്ച് മുതല് മെയ് വരെയുള്ള വേനല്ക്കാലം ചിലപ്പോള് ജൂണ് വരെ നീളാറുണ്ട്. ഇക്കാലത്ത് ചൂട് 22 മുതല് 40 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് വരെ അനുഭവപ്പെടുന്നു.
ജൂലൈ മുതല് സെപ്തംബര് വരെയാണ് മഴക്കാലം. ശക്തമായ മഴ ഇക്കാലത്ത് ലഭിക്കുന്നു. ആകാശം മേഘാവൃതമായി കാണപ്പെടുന്ന ഇക്കാലം മൂടല്മഞ്ഞ് നിറഞ്ഞതാണ്.
നവംബര് മുതല് ഫെബ്രുവരി വരെയാണ് ശൈത്യകാലം. തെളിഞ്ഞ് പ്രസന്നമായ ഇക്കാലത്ത് അന്തരീക്ഷ താപനില 12 മുതല് 20 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് വരെയാണ്.