കാലാവസ്ഥ തികച്ചും പ്രസന്നമായ മെയ്, ജൂണ്, സെപ്റ്റംബര് - നവംബര് മാസങ്ങളാണ് യമുനോത്രി സന്ദര്ശിക്കാന് ഏറ്റവും അനുകൂലമായ സമയം.
ഏപ്രിലിലാണ് യമുനോത്രിയിലെ വേനല് ആരംഭിക്കുന്നത്. ജൂലൈ വരെ അത് നീണ്ടുനില്ക്കും. ഈ കാലയളവില് ഇവിടെ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ള കൂടിയചൂടും കുറഞ്ഞചൂടും യഥാക്രമം 20 ഡിഗ്രി സെന്റിഗ്രേഡും 6 ഡിഗ്രി സെന്റിഗ്രേഡുമാണ്. മെയ്, ജൂണ് മാസങ്ങള് ഏറ്റവും ചൂട് കൂടിയ സമയമാണ്.
ജൂണില് തുടങ്ങി ആഗസ്റ്റ് വരെ യമുനോത്രിയില് മഴക്കാലമാണ്. കനത്ത മഴയാണ് ഈ സമയത്ത് ഇവിടെ വര്ഷിക്കുന്നത്.
ഒക്ടോബറില് തുടങ്ങി മാര്ച്ച് വരെയുള്ള 6 മാസങ്ങള് യമുനോത്രിയിലെ ശൈത്യകാലമാണ്. താപനില സീറോ ലെവലിലും താഴെ എത്തുന്ന ഈ കാലയളവില് കനത്ത മഞ്ഞുവീഴ്ചയും ഇവിടെ പതിവാണ്. ഡിസംബര്, ജനുവരി മാസങ്ങള് പുറം കാഴ്ചകള്ക്ക് ഒട്ടും അനുകൂലമല്ല.