ചൂടേറിയ വേനലും തണുത്ത് വിറക്കുന്ന ശൈത്യവും മറ്റുമായി ലക്ഷണമൊത്ത ഉഷ്ണമേഖലാ കാലാവസ്ഥയാണ് ഹരിഹരേശ്വറിലേത്.
മാര്ച്ച് മുതല് മെയ് വരെയാണ് വേനല്ക്കാലം. വേനല്ക്കാലത്ത് കടുത്ത ചൂട് അനുഭവപ്പെടാറുണ്ട്. 40 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് വരെ ചൂട് ഉയരുന്നു. അതിനാല്ത്തന്നെ വേനല്ക്കാലത്ത് ഹരിഹരേശ്വര് യാത്ര അഭികാമ്യമല്ല.
തെക്കുപടിഞ്ഞാറന് മണ്സൂണ് ആണ് ഇവിടെ മഴയ്ക്ക് ആശ്രയം. ജൂണ് മുതല് സെപ്തംബര് വരെയുള്ള കാലത്താണ് ഇവിടെ മഴപെയ്യുന്നത്. ശരാശരി മഴ ലഭിക്കുന്ന പ്രദേശമാണിത്. മഴയ്ക്ക് ശേഷമുള്ള കാലമാണ് ഇവിടം സന്ദര്ശിക്കാന് അനുയോജ്യം.
മനോഹരമായ കാലാവസ്ഥയാണ് ശീതകാലത്ത് ഹരിഹരേശ്വറില്. ഡിസംബര് മുതല് ഫെബ്രുവരി വരെയുള്ള ശൈത്യകാലത്താണ് ഹരിഹരേശ്വര് യാത്രയ്ക്ക് പറ്റിയ സമയം. 16 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസ് മാത്രമാണ് ഇക്കാലത്തെ കുറഞ്ഞ താപനില.