കേരളത്തിലെ ഏതൊരു തീരപ്രദേശത്തെയും പോലെ പൊന്നാനിയിലെയും വേനല് അല്പം കടുത്തതാണ്. അന്തരീക്ഷത്തിലെ ആര്ദ്രതയാണ് ഇതിന് കാരണം. മാര്ച്ച് മുതല്മ യെ് വരെയാണ് വേനല്. ഇക്കാലത്ത് ഇവിടുത്തെ കൂടിയ താപനില 38 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസും കുറഞ്ഞ താപനില 32 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസുമായിരിയ്ക്കും. പൊന്നാനി സന്ദര്ശിയ്ക്കുമ്പോള് പരുത്തി വസ്ത്രങ്ങളാണ് നല്ലത്. അല്ലെങ്കില് അസഹ്യമായ ചൂടില് യാത്രക്കാര് അസ്വസ്ഥരാകും.
തീരദേശമായതുകൊണ്ടുതന്നെ മഴക്കാലവും ഇവിടെ അല്പം കനത്തതാണ്, ജൂണ് മുതല് സെപ്റ്റംബര് വരെയാണ് ഇവിടെ മഴപെയ്യുന്നത്. നല്ല മഴ ലഭിയ്ക്കുന്ന പ്രദേശമായതിനാല് മഴക്കാലത്ത് പൊന്നാനിയിലെത്തി പുറംകാഴ്ചകള് കാണുകയെന്നത് ബുദ്ധിമുട്ടുള്ള കാര്യമാണ്. മാത്രമല്ല മഴക്കാലത്ത് ബീച്ചും അത്ര സുരക്ഷിതമാകില്ല, കാറ്റുംകോളും നിറയുന്ന കടല്ത്തീരത്ത് കൂടുതല് സമയം ചെലവഴിയ്ക്കുക ബുദ്ധിമുട്ടാകും.
പൊന്നാനിയിലെ ഏറ്റവും മനോഹരമായ കാലം ശീതകാലമാണ്, ഇക്കാലത്ത് വലിയ ചൂട് അനുഭവപ്പെടാറില്ല ഇവിടെ. ഡിസംബര് മുതല് ഫെബ്രുവരി വരെയാണ് ഇവിടെ ശീതകാലം വരുന്നത്. ഇക്കാലത്ത് കൂടിയ താപനില 32 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസും കുറഞ്ഞത് 24 ഡിഗ്രി സെല്ഷ്യസുമാണ്. പൊന്നാനി സന്ദര്ശനത്തിന് പറ്റിയ സമയമാണിത്. ഓഗസ്റ്റ് മുതല് സെപ്റ്റംബര്വരെയുള്ള കാലത്ത് ആശങ്കകളില്ലാതെ പൊന്നാനിയാത്ര പ്ലാന് ചെയ്യാം. നവംബര് മുതല് ഫെബ്രുവരിവരെയുള്ള സമയമാണ് ഏറ്റവും അനുയോജ്യമായ സമയം.