പേര് സൂചിപ്പിക്കുന്നതുപോലെ മുഗള് ഭരണാധികാരിയായിരുന്ന ഹുമയൂണാണ് ഈ മോസ്ക് നിര്മ്മിച്ചത്. തന്റെ പിതാവ് ബാബറിനേപ്പോലെ ശക്തനായ ഒരു ഭരണാധികാരിയായിരുന്നില്ല ഹുമയൂണ്. ഷേര്ഷാ സൂരി ഹുമയൂണിനെ പരാജയപ്പെടുത്തുകയും മടങ്ങിപ്പോകും വഴി ഫിറോസ് ഷാ തുഗ്ലക് കോട്ടയും, സ്തംഭവും സ്ഥാപിച്ചിടത്ത് തങ്ങുകയും ചെയ്തു.
ഹുമയൂണ് വെള്ളിയാഴ്ചകളില് ഇവിടെ പ്രാര്ത്ഥന നടത്തുകയും, പില്ക്കാലത്ത് ഇവിടെ ഒരു പള്ളി പണിയുകയും ചെയ്തു. മുഗള് ശൈലിയില് നിര്മ്മിച്ച ഈ പള്ളി 1526 മുതല് 1556 വരെയുള്ള മൂന്ന് ദശാബ്ദക്കാലം കൊണ്ടാണ് നിര്മ്മാണം പൂര്ത്തീകരിച്ചത്.
ലഖൗരി ഇഷ്ടികകള്കൊണ്ട് നിര്മ്മിച്ച പടിഞ്ഞോറോട്ട് അഭിമുഖമായ വലിയൊരു ചുമരിന് മുന്നില് നിന്നാണ് ഇവിടെ പ്രാര്ത്ഥനകള് നടക്കുന്നത്. മുസ്ലിംങ്ങളുടെ പുണ്യസ്ഥലമായ മക്കയിലെ ക അബയുടെ ദിശ സൂചിപ്പിക്കുന്ന ഒരു മെഹ്റാബ് അഥവാ കമാനവും ഇവിടെയുണ്ട്.
മുസ്ലിം ആരാധനാലയങ്ങളില് പ്രമുഖമായ ഇവിടെ വെള്ളിയാഴ്ചകളില് ഭക്തജനങ്ങളുടെ വന് തിരക്ക് അനുഭവപ്പെടുന്നു. ആയിരക്കണക്കിന് ആളുകളെ ഉള്ക്കൊള്ളാനുള്ള ശേഷി ഇതിനുണ്ട്.