1503ല് പണികഴിപ്പിക്കപ്പെട്ട സെന്റ് ഫ്രാന്സിസ് ചര്ച്ച് ഇന്ത്യയിലെ ഏറ്റവും പഴക്കമുള്ള യൂറോപ്യന് പള്ളിയാണ്. ഫോര്ട്ടുകൊച്ചി പരിസരത്തായാണ് സെന്റ് ഫ്രാന്സിസ് ചര്ച്ച് സ്ഥിതിചെയ്യുന്നത്. പോര്ട്ടുഗീസ് നാവികനായ വാസ്കോഡഗാമ അന്തരിച്ചപ്പോള് ഇവിടെയാണ് അദ്ദേഹത്തെ അടക്കം ചെയ്തത്. 1524ലായിരുന്നു ഇത്. 14 വര്ഷങ്ങള്ക്ക് ശേഷം ഗാമയുടെ ഭൗതികാവശിഷ്ടം പിന്നീട് പോര്ച്ചുഗലിലേക്ക് കൊണ്ടുപോയെങ്കിലും ശവകുടീരം ഇപ്പോഴും ഇവിടെ കാണാം. പോര്ച്ചുഗീസുകാരായ ഫ്രാന്സിസ്കന് സന്യാസിമാരാണ് സെന്റ് ഫ്രാന്സിസ് ചര്ച്ച് നിര്മ്മിച്ചത്.
മരം കൊണ്ടു നിര്മ്മിച്ചിരുന്ന ഈ പള്ളി പിന്നീട് കല്ലുകളുപയോഗിച്ച് പുതുക്കിപ്പണിയുകയായിരുന്നു. 1779ല് ഡച്ചു പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റുകള് സെന്റ് ഫ്രാന്സിസ് ചര്ച്ച് നവീകരിച്ചു. പിന്നീട് ബ്രിട്ടീഷുകാര് ഇതിനെ ആംഗ്ലിക്കന് ചര്ച്ചാക്കി മാറ്റി. ഇപ്പോള് ചര്ച്ച് ഓഫ് സൌത്ത് ഇന്ത്യയുടെ കീഴിലാണ് സെന്റ് ഫ്രാന്സിസ് ചര്ച്ച്.