കൊച്ചിയിലെ അന്തര്ദേശീയ തീര്ത്ഥാടന കേന്ദ്രമാണ് മലയാറ്റൂര് മലയില് 609 മീറ്റര് ഉയരത്തില് സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന സെന്റ് തോമസ് പള്ളി. എ.ഡി. മൂന്നാം നൂറ്റാണ്ടില് ഇന്ത്യയിലെത്തിയ ക്രിസ്തു ശിഷ്യന്മാരിലൊരാളായ സെന്റ് തോമസ് മലയാറ്റൂരില് പ്രാര്ത്ഥിച്ചുവെന്ന്് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. സെന്റ് തോമസ് കന്യാമറിയത്തിന് സമര്പ്പിച്ച് നിര്മിച്ച പള്ളിയാണിത്. ഗ്രീക്കോ - റോമന് നിര്മാണശൈലിയിലാണ് പള്ളി പണിതിരിക്കുന്നത്. യേശുക്രിസ്തുവിന്റെ വലിയൊരു ചിത്രം ഇവിടെ കാണാം.
മാര്ച്ച്, ഏപ്രില് മാസത്തില് നടക്കുന്ന ഈ പള്ളിയിലെ പെരുനാളിനോടനുബന്ധിച്ച് ആയിരക്കണക്കിന് തീര്ത്ഥാടകരാണ് ഇവിടെയെത്തുന്നത്. എറണാകുളത്തു നിന്ന് കാലടി വഴി 45 കിലോമീറ്റര് അകലെയാണ് മലയാറ്റൂര്. മാര്ത്തോമ്മാ മണ്ഡപം, പൊന്നിന്കുരിശ്, സന്നിധി, പാറയിലെ സെന്റ് തോമസിന്റെ കാലടിപ്പാട് തുടങ്ങിയവയാണ് മലയാറ്റൂര് പള്ളിയിലെ പ്രധാന കാഴ്ചകള്.