സുബ്രഹ്മണ്യക്ഷേത്രത്തിനടുത്തായിട്ടാണ് സുബ്രഹ്മണ്യ മഠമുള്ളത്. വേദാന്ത തത്വശാസ്ത്രത്തിലെ ദൈ്വത രീതിയിക്ക് തുടക്കമിട്ട മാധ്വാചാര്യ തന്റെ സഹോദരനും പിന്ഗാമിയുമായ വിഷ്ണുതീര്ത്ഥാചാര്യര്ക്ക് കൈമാറിയതാണ് ഈ മഠമെന്നാണ് കരുതുന്നത്. മാധ്വ മതത്തിലെ ദൈത പാരമ്പര്യത്തിന്റെ ഭാഗമാണ് ഈ മഠം. ഇപ്പോള് മഠത്തിന്റെ പേരില് ഏറെ വിദ്യാഭ്യാസ, കലാസാംസ്കാരിക പ്രവര്ത്തനങ്ങള് നടന്നുവരുന്നുണ്ട്. കുക്കെ അഭയഗണപതി, സംപുത നരസിംഹക്ഷേത്രം, സോമനാഥ ക്ഷേത്രം, വനദുര്ഗദേവി ക്ഷേത്രം എന്നിവയുടെയെല്ലാം നടത്തിപ്പും മഠത്തിനാണ്.