കൊടുങ്ങല്ലൂര് ക്ഷേത്രം എന്ന പേരില് പ്രസിദ്ധിയാര്ജിച്ച ഈ ക്ഷേത്രത്തിന് 1800 ലധികം വര്ഷത്തിന്െറ പഴക്കമുണ്ടെന്നാണ് കരുതപ്പെടുന്നത്. കൊടുങ്ങല്ലൂര് ആസ്ഥാനമാക്കി കേരളം ഭരിച്ച ചേരന് ചെങ്കുട്ടുവനാണ് കണ്ണകി പ്രതിഷ്ഠയുമായി ക്ഷേത്രം സ്ഥാപിച്ചതെന്നാണ് ചരിത്രം. പത്തിനിക്കടവുള്(ഭാര്യാദൈവം) എന്നപേരിലാണ് കണ്ണകി അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്. ബ്രാഹ്മണമേധാവിത്വത്തിനുശേഷം ഇന്ന് ക്ഷേത്രത്തിലെ മുഖ്യപ്രതിഷ്ഠ ഭദ്രകാളിയായാണ് സങ്കല്പിച്ച് ആരാധിക്കപ്പെടുന്നത്.
ഹൈന്ദവവിശ്വാസപ്രകാരം ദാരികാസുരനില് നിന്ന് ലോകത്തെ രക്ഷിക്കാന് പരമശിവന്്റെ തൃക്കണ്ണില് നിന്ന് ഭദ്രകാളി ജനിച്ചതായാണ് ഐതിഹ്യം. ദാരികനിഗ്രഹത്തിനു ശേഷവും കോപം ശമിക്കാത്ത ദേവിയുടെ കോപമടക്കാന് ഭൂതഗണങ്ങള് തെറിപ്പാട്ടും, ബലിയും, നൃത്തവുമായി ദേവിയുടെ കോപം ശമിപ്പിച്ചു. ദേവി സന്തുഷ്ടയാവുകയും അതിന്്റെ പ്രതീകാത്മകമായ ആചാരവും അനുഷ്ടാനവുമാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂര് ഭരണി എന്നാണ് ഐതിഹ്യം.
എട്ടുകൈകളിലും ആയുധമേന്തി നില്ക്കുന്ന ഭഗവതിയുടെ മനോഹരമായ വിഗ്രഹമാണ് ഇവിടെയുള്ളത്. കേരളത്തിലെ 64 ഭദ്രകാളി ക്ഷേത്രങ്ങളുടെ മൂലക്ഷേത്രമായാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂര് ക്ഷേത്രത്തെ കരുതുന്നത്. മീന ഭരണി ഉത്സവത്തിനോടനുബന്ധിച്ചു നടക്കുന്ന കോഴിക്കല്ലു മൂടല്, കാവുതീണ്ടല്, തെറിപ്പാട്ട് എന്നിവയാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന് പ്രസിദ്ധി നേടിക്കോടുത്തത്. വസൂരിമല,തവിട്ടുമൂര്ത്തി എന്നീ ഉപപ്രതിഷ്ഠകള് കൂടി ക്ഷേത്ര പരിസരത്തിലുണ്ട്.