തൗബാലില് നിരവധി തടാകങ്ങളും നദികളുമുണ്ട്. ഇംഫാല്, തൗബാല് നദികളാണ് പ്രധാനമായും ജില്ലായില് കൂടി ഒഴുകുന്നത്. ജില്ലയിലെ പല നഗരങ്ങള്ക്കും ഗ്രാമങ്ങള്ക്കും ജീവന് പകരുന്നതും പ്രകൃതി ഭംഗി കൂട്ടുന്നതും ഈ നദികളാണ്.
തടാകങ്ങളില് ഏറ്റവും പ്രശസ്തം ഇകോപ്, ലൗസി, പംലെന്, വെയ്തൗ തുടങ്ങിയ തടാകങ്ങളാണ്. ഇകോപ് തടാകം പ്രകൃതി സൗന്ദര്യത്താല് വിനോദ സഞ്ചാരികളെ കൂടുതലായി ആകര്ഷിക്കുന്നു. പതിനെട്ട് കിലോമീറ്റര് വ്യാപിച്ച് കിടക്കുന്ന ലൗസി തടാകം ജീവശാസ്ത്രജ്ഞരുടെ ഇഷ്ട സ്ഥലമാണ്. ഈ തടാകം വലിയൊരാവാസ കേന്ദ്രമാണ്. തദ്ദേശ വാസികള് കുടിവെള്ളത്തിനാശ്രയിക്കുന്നത് ഈ തടാകത്തെയാണ്.
പംലെന് പാത് എന്നും അറിയപ്പെടുന്ന പംലെന് തടാകം തൗബാലിലെ ഒരു ശുദ്ധ ജല തടാകമാണ്. ഒഴുകുന്ന ചെടികളാണ് ഇവിടുത്തെ പ്രധാന ആകര്ഷണം.