കന്യാകുമാരി ക്ഷേത്രത്തിന് കുമാരി അമ്മന് ക്ഷേത്രം എന്നൊരു പേരുകൂടിയുണ്ട്. പാര്വ്വതീദേവിയുടെ അവതാരമായ കന്യാകുമാരി ദേവിയാണ് ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠ. ശിവനെ വിവാഹം ചെയ്യാന് കാത്തിരുന്ന കന്യകയായ ദേവിയുടെ നാട് എന്നാണ് കന്യാകുമാരി എന്ന സ്ഥലപ്പേരിന് ആധാരം. ശിവനെ വിവാഹം ചെയ്യാന് സാധിക്കാത്തതിനെ തുടര്ന്ന് കന്യകയായി ജീവിക്കാന് തീരുമാനിക്കുകയായിരുന്നു ദേവി എന്നാണ് ഐതിഹ്യം. ദേവിയുടെ വിവാഹത്തിന് ഒരുക്കിയ ധാന്യങ്ങളാണ് ഇവിടത്തെ മണല്ത്തരികള് എന്നും വിശ്വാസമുണ്ട്. പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടില് പാണ്ഡ്യരാജാക്കന്മാരാണ് ക്ഷേത്രം പണികഴിപ്പിച്ചത്. പിന്നീട് വിജയനഗര രാജാക്കന്മാര് ഈ ക്ഷേത്രം പുതുക്കിപ്പണിതു.